Территорию КРБ образуют долины 2-х рек – Исфайрам-Сай и Шахимардан и прилегающие к ним горные хребты.
Исфайрам-Сай — это приток реки Сырдарья. Длина реки составляет 122 км, площадь бассейна 2220 км². Берёт начало в отрогах Алайского хребта. В Верхнем течении река называется Тенгизбай. Начало река берет из слияния 2-х горных рек – реки Сурматаш в одноименном ущелье и реки Лангар.